從基因體組到轉錄體，或許您可在這些例子，找到近似的分析目標。當然，我們也可以再討論其他的可能性。

重新組裝轉錄體

即使在定序可輕易高過數十倍的今日，全基因體基因組或甚至轉錄體的組裝，也很不容易到達高完整性或高正確率。但在考量組裝軟體優劣、演化遺傳關係，並且參考公開資料庫的特色與豐富性之後，目前已經有經驗且有信心，可組裝獲得達近90%的完整率、近88%的正確率。

以目前尚未有全基因組參考序列的日本柳杉(Cryptomeria japonica)為例，採用大約 20組定序序列庫(library)，各定序庫之成對(paired-end)短序列超過4千萬對 (40x106 pairs, or 40 Million)的資料量。當時，利用日本農林水產省的生物資訊計算設備，經過三輪的調整重組，各輪不含事後的鑑驗驗證，大約各近一個月。最後，因為已探索得目標基因而停止再一輪的重新組裝。在此引用其中一篇發表[1]Wei et al., 2021的BUSCO評估結果圖，最上面的一列CJ3006NRE即為該篇最終的組裝結果編號。在1440個由BUSCO製作單位選定的共通且單套的直交基因 (Universal Single-Copy Orthologs) 組合中，只有除了155個(10.76%) 缺遺及 32個 (2.22%) 片段，被評估為完整的基因數量約近於 90%。另外，與其他具有全基因體資料的針葉物種比對，考量到物種之間的差異，以超過70%的覆蓋率為低標，有近88%的轉譯後蛋白質，可以被其他物種的基因體序列覆蓋。

• Wei F-J, Ueno S, Ujino-Ihara T, Saito M, Tsumura Y, Higuchi Y, et al. Construction of a reference transcriptome for the analysis of male sterility in sugi (Cryptomeria japonica D. Don) focusing on MALE STERILITY 1 (MS1). PLOS ONE. 2021;16: e0247180. doi:10.1371/journal.pone.0247180

搜尋百萬分之25的變異點

因為體細胞因為人工處理複製而產生的變異，會隨著處理時間的增長而增加，當然，也會因為處理的過程而有所差異。然而，這些變異點的單位，可能是以千為單位的片段缺失，也可能是以單一nucleotide的變異，不論是transitions 或transversions。雖然現在的變異檢驗軟體可以幫助掃出大部分可信的差異點，不可諱言的，軟體本身的 false positive 及 false negative仍然很高。

在於對於體細胞變異的相關論文中，利用撰寫簡單的驗證程式，並採取了階段性的篩選，再用基因體資料瀏覽器—IGV (Integrated Genome Viewer)，進行視覺化的確認。這是考量將大量可疑變異點，送交wet-lab驗證，可能耗費過多的資源，而採取的策略。但最終的結果顯示，除了較其他人的做法更嚴謹，整個團隊也對如此得到的結果，更有信心。

如果委託者有需要類似的服務，在此建議需要搭配可信任的基礎人力，經過基本的辨識訓練之後(大約0.5~1小時)，可加速處理速度。

• Wei F-J, Kuang L-Y, Oung H-M, Cheng S-Y, Wu H-P, Huang L-T, et al. Somaclonal variation does not preclude the use of rice transformants for genetic screening. The Plant Journal. 2016;85: 648–659. doi:10.1111/tpj.13132

多品種之間的變異點比較

既然探索單一樣本相對於參考序列的變異點，已經可以達成，藉由參考序列的定位，比較多樣本之間的變異點，當然可行。

以稻米品種臺中65號的基因體定序資料為例，相較於參考序列，經過篩選大約有近五萬個SNP。其中，與兩個文獻紀載的親本(神力、龜治)和邢老師實驗室探索到的另外兩個最可能親本(Muteka 及 Nakabo)，分別大約有兩萬一千到四萬五千個SNP是一樣的。這些SNP的交集與聯集的關係，以Venn-diagram繪製成Figure 3. (該篇 Wei et al, 2016的 Figure 1.)。

• Wei F-J, Tsai Y-C, Wu H-P, Huang L-T, Chen Y-C, Chen Y-F, et al. Both Hd1 and Ehd1 are important for artificial selection of flowering time in cultivated rice. Plant Science. 2016;242: 187–194. doi:10.1016/j.plantsci.2015.09.005

顯露不同親本的貢獻區段

過去以分子標幟搭配交換率的計算得到染色體區段的cM，經過後代調查，才知道親本或疑似有親緣關係者，在目標染色體上的基因型分配，形成目標樣本的單倍體圖譜。現在搭配次世代定序，可以nucleotide為單位標示，甚至多樣本之間，以單一染色體組一次標示。

以稻米品種臺中65號的基因體研究為例。可以將分析所得各可能親本或親本交集的SNP，以全12條稻米染色體組為底，著以不同顏色，如Figure 4. (原發表Wei et al., 2016a 的 Figure 3)。

另外，以研究田間自然發生的花粉滲入的結果為例。我們將非原始親本的SNP，採片段且飛出式的標示。不僅是同質結合的SNP，還包含了異質結合的區段，經過快速的採樣與在電腦上確認，繪製出如 Figure 5 (原發表 Wei et al., 2016b的Figure 3)。

• Wei F-J, Tsai Y-C, Wu H-P, Huang L-T, Chen Y-C, Chen Y-F, et al. Both Hd1 and Ehd1 are important for artificial selection of flowering time in cultivated rice. Plant Science. 2016;242: 187–194. doi:10.1016/j.plantsci.2015.09.005
• Wei F-J, Tsai Y-C, Hsu Y-M, Chen Y-A, Huang C-T, Wu H-P, et al. Lack of Genotype and Phenotype Correlation in a Rice T-DNA Tagged Line Is Likely Caused by Introgression in the Seed Source. PLOS ONE. 2016;11: e0155768. doi:10.1371/journal.pone.0155768